Paiement en ligne : Stripe, GoCardless, Mollie, frais et fonctionnement

Stripe, GoCardless et Mollie sont des prestataires de paiement en ligne : ils permettent à une entreprise d’encaisser sur son site, par lien ou par abonnement, puis lui reversent les fonds sur son compte bancaire, après déduction de leurs frais. Stripe et Mollie sont surtout utilisés pour le paiement par carte et les moyens de paiement européens ; GoCardless est spécialisé dans le prélèvement SEPA, adapté aux abonnements et à la facturation récurrente entre entreprises. Les frais se composent le plus souvent d’un pourcentage et d’un montant fixe par transaction, plus élevés pour les cartes premium, professionnelles ou étrangères. Le bon choix dépend de votre clientèle, de vos montants et de votre besoin d’intégration.

L’essentiel

  • Stripe : cartes et nombreux moyens de paiement, API très complète ; tarif public de référence relevé en 2026 de 1,5 % + 0,25 € pour une carte européenne standard.
  • GoCardless : prélèvement SEPA pour paiements récurrents ; tarif relevé de 1 % + 0,20 € par paiement, plafonné à 2 € dans sa formule de base.
  • Mollie : solution européenne, nombreux moyens de paiement locaux, modules pour les principales plateformes e-commerce ; tarifs variables selon le type de carte.
  • Coût réel : dépend du mix de cartes (premium, hors Europe), des remboursements, des litiges et des conversions de devises.
  • Versements : fonds reversés selon un calendrier, parfois avec une réserve en cas de risque.

Comment fonctionne un prestataire de paiement

  1. Le client paie sur votre site, via une page ou un formulaire du prestataire.
  2. Le prestataire obtient l’autorisation (banque du client, authentification forte) ou exécute le prélèvement.
  3. Les fonds sont crédités sur votre solde chez le prestataire, net des frais.
  4. Le solde est reversé sur votre compte bancaire selon un calendrier (quotidien, hebdomadaire, à la demande).

Ces prestataires sont des établissements de paiement ou de monnaie électronique agréés dans un pays de l’Union européenne, qui peuvent exercer en France grâce au passeport européen. Le registre REGAFI, tenu par la Banque de France et l’ACPR, permet de vérifier qu’un prestataire est autorisé.

Les trois acteurs comparés

CritèreStripeGoCardlessMollie
SpécialitéCartes, portefeuilles mobiles, abonnements, facturationPrélèvement SEPA (et virements selon offres)Cartes et moyens de paiement européens
Tarif de référence relevé en 20261,5 % + 0,25 € (carte européenne standard)1 % + 0,20 €, plafonné à 2 € (formule de base)Variable selon la carte et le moyen de paiement
Cartes premium et hors EuropeTarifs plus élevésSans objetTarifs plus élevés
AbonnementNon pour l’offre standardSelon formuleNon pour l’offre standard
Usage typiqueE-commerce, SaaS, plateformesAbonnements B2B, cotisations, factures récurrentesE-commerce européen

Tarifs issus de relevés publiés en 2026 par des comparateurs et des cabinets (Stripe : grille publique pour les cartes européennes standard ; GoCardless : grille de base). Ils ne sont pas vérifiés sur chaque site officiel à la date de rédaction et évoluent : consultez les pages de tarifs avant de choisir.

Carte ou prélèvement : un choix de modèle

Le paiement par carte convient aux achats ponctuels de particuliers : il est immédiat et familier. Le prélèvement SEPA convient aux paiements récurrents et aux montants élevés : son coût est souvent plafonné par transaction, ce qui le rend très avantageux pour les grosses factures, mais il est plus lent (plusieurs jours ouvrés) et peut faire l’objet de remboursements à la demande du payeur pendant 8 semaines en mode CORE.

Exemple : pour une facture de 1 200 €, une carte à 1,5 % + 0,25 € coûte 18,25 € ; un prélèvement à 1 % + 0,20 € plafonné à 2 € coûte 2 €. Pour un panier de 30 €, la carte coûte 0,70 €, le prélèvement 0,50 €, mais l’expérience d’achat est moins fluide. Calcul sur la base des tarifs de référence ci-dessus.

Les coûts cachés à surveiller

  • Cartes premium, professionnelles ou étrangères : taux nettement supérieurs au tarif d’appel.
  • Conversion de devises : un pourcentage s’ajoute pour les paiements dans une autre monnaie.
  • Litiges : frais par contestation de paiement (rétrofacturation), en plus du montant remboursé au client.
  • Remboursements : les frais de la transaction initiale ne sont pas toujours restitués.
  • Options payantes : facturation récurrente, outils antifraude avancés, versements instantanés.
  • Réserve : une partie des fonds peut être retenue temporairement si le prestataire estime le risque élevé.

Comptabiliser les encaissements

Le prestataire verse un montant net (ventes moins frais, remboursements et litiges) qui ne correspond pas aux factures émises. Pour une comptabilité juste, on enregistre les ventes brutes, les frais du prestataire en charges (services bancaires et assimilés), puis le virement vers la banque. La plupart des prestataires fournissent un rapport de versement détaillé, et de nombreux logiciels comptables s’y connectent pour automatiser le rapprochement.

Bien choisir

  • Votre clientèle : particuliers ou entreprises, France ou international.
  • Vos montants : petits paniers (carte) ou factures élevées et récurrentes (prélèvement).
  • Votre site : module disponible pour votre plateforme (WooCommerce, PrestaShop, Shopify…) ou développement sur mesure.
  • Votre volume : au-delà de quelques centaines de milliers d’euros par an, une négociation ou un tarif « interchange ++ » devient envisageable.

La sécurité des paiements

Les paiements par carte en ligne sont en principe soumis à l’authentification forte du payeur, imposée par la directive européenne sur les services de paiement : le client valide l’achat dans l’application de sa banque. Les prestataires gèrent ce parcours et proposent des outils de détection de la fraude. Côté commerçant, les réflexes restent les mêmes : conditions générales claires, confirmation de commande, preuves de livraison et service client joignable, pour limiter les contestations.

FAQ

Faut-il un compte bancaire professionnel ?

Les prestataires versent les fonds sur un compte bancaire au nom de l’entreprise. Pour une société, c’est le compte professionnel ; pour un micro-entrepreneur, le compte dédié à l’activité.

Peut-on utiliser plusieurs prestataires ?

Oui, par exemple Stripe pour les cartes et GoCardless pour les abonnements B2B. Cela complique un peu le rapprochement comptable.

Combien de temps pour recevoir les fonds ?

Quelques jours ouvrés en général pour les cartes, davantage pour le prélèvement, avec un premier versement souvent plus long pour un nouveau compte.

Les frais sont-ils soumis à la TVA ?

Les commissions de services de paiement sont en général exonérées de TVA. Vérifiez les factures du prestataire avec votre expert-comptable.

Sources

  • Stripe, page de tarifs France (tarif de référence 1,5 % + 0,25 € pour les cartes européennes standard, repris par plusieurs relevés publiés en 2026).
  • GoCardless, guides et grille tarifaire de base (1 % + 0,20 €, plafond de 2 € par transaction).
  • Banque de France et ACPR, registre REGAFI des établissements de paiement autorisés.
  • Directive (UE) 2015/2366 (DSP2) : authentification forte et passeport européen des prestataires de services de paiement.
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